همزمان با شروع فعاليت واحدهاي توليدي فرآورده هاي گياهي، گروه کارشناسی فراورده های گیاهی از سال 1360 در معاونت غذا و داروي وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشكي بصورت رسمي نظارت بر فراورده های گیاهی را آغاز نمود.
در سال 1376 ، اداره داروهای گیاهی در چارت سازمانی معاونت غذا و دارو به عنوان یکی از ادارات تابعه اداره کل نظارت بر امور دارو و مواد مخدر به رسميت شناخته شد
با افزايش تنوع فرآورده‌هاي طبيعي، براي تمركز بيشتر بر روي اين فرآورده‌ها در دي‌ماه 1385، اداره داروهای گیاهی به اداره داروهاي طبيعي تغيير نام يافت.